员工未按正常流程离职时，以下特殊情况可能影响处理方式：
1、员工因公司违法行为即时离职：若公司存在拖欠工资、未缴纳社保等《劳动合同法》第三十八条规定的违法行为，员工可即时解除合同并主张经济补偿，此时未走流程不构成违约。
2、员工与公司协商一致简化流程：若双方达成一致，公司同意不提交书面申请或缩短交接时间，员工未走流程不违法，公司仍需支付工资并办理手续。
3、员工离职后因不可抗力未完成交接：如突发疾病、遭遇交通事故等无法履行交接义务，用人单位应灵活处理，不可简单认定为擅自离职，否则可能承担不利后果。这些情况可能影响员工是否违约及是否需承担损失的法律判断。
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员工未按正常流程离职，用人单位需根据具体情况依法处理：
若员工已提前通知但未完成交接，应督促其完成；若未提前通知擅自离职，公司可依法追究违约责任；若因公司违法即时离职，公司需支付经济补偿；若已完成交接但公司未及时结算工资，员工可主张拖欠赔偿；若员工因升学、出国等特殊原因需紧急离职，双方可协商简化流程；试用期员工提前3天通知即可离职，未履行程序也需结合实际处理。
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员工未按正常流程离职，可能面临以下法律风险：
1、用人单位可追究违约责任：如员工未提前30天通知离职，且公司制度或合同有明确约定，公司可要求赔偿直接经济损失。例如某员工未提前通知跳槽致项目延误、损失订单，公司可主张相应赔偿。
2、员工可能丧失部分权益：如未完成交接，公司可暂缓发放最后一笔工资或奖金，员工或因此遭受经济损失。例如某员工未交接即离职，公司暂缓发放年终奖，员工仲裁也未必能全额追回。以上风险提醒员工依法离职，用人单位也应依法处理，避免争议扩大。
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员工未按正常流程离职，法律依据主要为《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条和第三十条。
根据第三十七条，劳动者提前30日书面通知或试用期提前3日通知即可离职，此为基本程序。若未履行，公司可依合同或制度追究违约责任，但不得拖欠工资。第三十条明确用人单位需按时足额支付劳动报酬，即使员工未按规定离职，仍需支付已提供劳动的工资。若因公司违法（如拖欠工资、未缴社保）即时离职，还可依据第三十八条主张经济补偿。综上，离职流程是否合规影响违约责任和经济补偿主张，但不能成为公司拒付工资的理由。

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